中国科学院微生物研究所（以下简称微生物所）成立于1958年12月3日，其前身是中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室，具有重要影响力的国立综合性微生物学研究机构之一。研究所坚持“微生物、高科技、大产业”的战略定位。以病原微生物与免疫、微生物资源、微生物技术为主要研究领域，设有微生物资源前期开发国家重点实验室、真菌学国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建）、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室五个重点实验室。另设有中国普通微生物菌种保藏中心、国家微生物科学数据中心，高等级生物安全实验室和菌物标本馆等基础设施平台。位于中国科学院奥运村园区，毗邻国家5A级森林公园。   

　　微生物所是1981年国务院学位委员会批准的博士学位授予权单位之一，现设有生物学和基础医学一级学科下的微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、病原生物学和免疫学五个二级学科专业博士后流动站，现有在站博士后156人。在2020年全国博士后科研流动站评估中，研究所生物学流动站获评优秀。