中国科学院深海科学与工程研究所（以下简称“深海所”）是由中科院、海南省、三亚市三方共建的直属中科院的科研机构。2016年5月正式运行。
2018年4月12日，习近平总书记视察深海所。按照总书记关于“加快建设海洋强国”的重要指示，深海所致力于在我国临近深海的前沿地区，开展深海科学研究和“深海进入、深海探测、深海开发”等关键技术和装备的研发，建设深海科学与工程的现代化基地和共享开放平台，推动国家深海重大装备在海南的集结，组建以海南为基地的陆海统筹的新时代国家深海科技战略力量。
深海所现有各类人员400余人。科研体系由深海科学研究部、深海工程技术部和海洋装备与运行管理中心三个部分组成。重点集中在深海科学研究、深海关键技术与装备研发等方面。
深海所积极探索机制创新，打造“立足海南、辐射全国”的深海科技创新“小核心、大网络”协同攻关体系，已与中科院内外100多家单位形成战略合作联盟。同时，发挥国家科技队的作用，积极参与海南自贸港建设，进驻崖州湾深海科技城，共同建设国家深海科技公共研发共享平台。
