国内唯一的国家级层面的食用菌专业研究机构，从事食用菌资源、栽培、加工、检测、标准等研究与产业化示范。建有我国目前保藏量最大、种类最丰富、系统性最强的食用菌标本馆，馆藏标本约40000余份，活体菌株3000余份。中国野生菌博物馆为云南省科普教育基地，向社会大众展示野生菌资源概况、基础知识、利用和发展现状等内容。

       人才团队：全所现有在职职工97人，其中，高级职称20人，科技人员研究生以上学历占70％，享受国务院特殊津贴专家1人、云岭产业技术领军人才1人，省级创新人才5人，云南省“三区”人才35人。

       研发平台：建有省部级的“4个研究中心、2个联盟、2个创新团队、1个标委会、1个院士工作站、1个检测中心”，  4个中心为：中华全国供销合作总社食用菌工程中心、云南省食用菌工程技术研究中心、云南特色食用菌种质创新与高值利用工程研究中心、国家食用菌加工技术研发分中心；2个联盟为：国家食用菌产业技术创新战略联盟、云南省食用菌产业技术创新战略联盟；2个创新团队为：中华全国供销合作总社昆明食用菌研究所特色食用菌驯化栽培与高值化利用省创新团队、云南省供销合作社科学研究所野生食用菌资源保护高效利用省创新团队；1个标委会为：云南省食用菌标准化技术委员会；1个院士工作站为：李玉院士工作站；1个检测中心为中华全国供销合作总社昆明食用菌质量监督检验测试中心。

       科研成果：近15年，承担食用菌科研项目130多项，其中，牵头科技部国家科技支撑计划项目2项，承担课题5项，获科技成果41项，科技奖励21项，获授权发明专利34项，开发出八大类新产品70多个，编著食用菌专著6部，食用菌农家用书系列5部，制修订食用菌国家标准12项，云南省地方标准9项。
       “云南大型真菌（蘑菇）数字化应用移动服务系统”，即“菌窝子App”，在应用市场和微信小程序上线运行。通过手机移动端互联网，以实现“食用菌科普知识”和“食用菌质量安全溯源”等平台功能。这是全国第一款通过手机拍照就能辨识野生菌品种的应用软件，得到广泛关注，学习强国平台、今日头条、《科技日报》、《昆明日报》等纷纷报道。

       产业示范：打造“云南省食用菌全产业链科技示范园区”，占地80亩，建有标准化、规模化菌种生产线1条，野生食用菌速冻、熟制、冻干产品示范生产线3条，生产车间15000平米，研发及质检实验室1500平米。旨在从食用菌驯化、标准化栽培、保鲜加工、检测、标准等涵盖全产业链，采用现代高新技术进行产业化示范，对我国食用菌产业升级发展发挥科技支撑和引领的作用。